Der Fischereiverband sieht den Fischotter als Gefahr für die in Tirol vom Aussterben bedrohten Fischarten wie die Äsche. Die Äsche sollten in Tiroler Flüssen wie dem Inn, dem Lech oder der Drau die Hauptfischart sein. Bei einem Drittel der tirolweit durchgeführten Fischbestandserhebungen konnte aber keine Äsche mehr nachgewiesen werden – mehr dazu in Massive Einbrüche bei Äschenbestand.
Mit verantwortlich dafür sieht der Fischereiverband den hohen Fraßdruck der Fischotter. Dem könnten die in Tirol stark schrumpfenden Fischbestände nicht standhalten. Der Fischereiverband fordert deshalb eine Regulierung der Otter.
Naturgemäß anders sieht das der WWF. Aufgrund der immer noch sehr kleinen Zahl der Fischotter gebe es noch sehr viel zu tun, damit sie langfristig in Tirol überleben können, so die Naturschutzorganisation. Von renaturierten und intakten Flüssen würden Fische und Fischotter profitieren. Es wäre daher völlig falsch, einzelne Arten gegeneinander auszuspielen. Stattdessen sollten die Verbauung und Verschmutzung der Flüsse zurückgehen, fordert der WWF.